Vídeo: O que é um arquivo de índice BAM?
2024 Autor: Lynn Donovan | [email protected]. Última modificação: 2023-12-15 23:52
UMA Arquivo BAM (. bam ) é a versão binária de um SAM Arquivo . A SAM Arquivo (. sam) é um texto delimitado por tabulação Arquivo que contém dados de alinhamento de sequência. Indexando : IGV requer que SAM e Arquivos BAM ser classificado por posição e indexado , e que o arquivos de índice siga uma convenção de nomenclatura específica.
Da mesma forma, as pessoas perguntam, como eu abro um arquivo BAM?
De Arquivo escolha do menu Abrir e selecione Arquivos BAM do lado esquerdo. Selecione o botão à direita que diz Adicionar um Arquivo BAM . Navegue até o BAM Teste arquivos pasta que você baixou, selecione with_index_with_graph. Clique Abrir , selecione mapt.
Em segundo lugar, como faço para converter um arquivo BAM para Fastq? Abaixo estão as etapas para converter o arquivo BAM para o formato FASTQ. Isso funcionará em Linux e exigirá SAMTOOLS e BEDTOOLS
- Baixe SAMTOOLS.
- Extraia usando o comando tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Ele criará uma pasta com o nome samtools-version.
- Mova para o diretório cd samtools-version.
Da mesma forma, como faço para converter um arquivo BAM em um arquivo SAM?
Para converter SAM para BAM , usamos o comando samtools view. Devemos especificar que nossa entrada está em Formato SAM (por padrão, ele espera BAM ) usando a opção -S. Devemos também dizer que queremos que a saída seja BAM (por padrão, ele produz BAM ) com a opção -b.
O que o Samtools view faz?
Samtools é um conjunto de utilitários que manipula alinhamentos no formato BAM. Ele importa e exporta para o formato SAM (Sequence Alignment / Map), faz classificação, mesclagem e indexação, e permite recuperar leituras em qualquer região rapidamente. Samtools foi projetado para funcionar em um fluxo.
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